Al igual que se debe podar la parte aérea del bonsai (follaje), igualmente debe realizarse podas en las raíces, primero vamos a definir lo siguiente: Vamos a dividir las raíces en tres grupos:
Raíz principal: Es grande y gruesa y crece hacia abajo buscando humedad y alimento cuando se termina el alimento de la parte superior de la tierra.
Raíces de sujeción: Igualmente son raíces grandes y gruesas que tienen la función de lograr que la planta se sujete a la maceta o a la tierra en la que se encuentra la plantada.
Raicilla fina: Son raíces semejantes a delgados pelitos bastante en cantidad y son las que cumplen la función más importante como lo es absorber los nutrientes que alimentan a la planta.
Cuando hacemos podas de las raíces, lo primero que debemos tener claro es que debemos asegurar la supervivencia del bonsai, y una parte primordial para que el árbol viva es que tenga unas raíces sanas. Por tanto, la poda que se realiza se encamina a maximizar la salud del árbol, teniendo en cuenta el poco espacio que dispone en la maceta, y además, si es posible, conseguir un bonito nebari (raíces superficiales que nacen del tronco).
En una maceta, si las raíces crecen mucho, limitan el espacio y no permiten que crezcan las raíces pequeñas, que son las efectivas, así que la poda se debe dirigir a obtener más raíces pequeñas (finas), pero también un nebari bonito. Una poda de raíces no debería ser tan drástica puesto que cuando se una raíz, se le hace una herida al árbol, así que este proceso se debería de hacer paulatinamente y a lo largo de los años hasta conseguir la multiplicación de las raíces pequeñas y la casi eliminación de las gruesas. Cuando por fin se consigue un buen nebari, del que nazca una cabellera de raíces ya simplemente quedará mantenerlo con podas cada año, o cada dos, cortando 1/3 de esas raíces pequeñas, para que se renueven. Además tendrás que mantener una cierta relación del tamaño del cepellón de raíces respecto a la superficie foliar que debe alimentar.
